La Inspección de Servicios Sanitarios se configura orgánicamente como una subdirección dependiente de la Viceconsejería de Salud y Consumo. Se estructura en la Inspección Central y las Inspecciones Provinciales, las cuales dependen orgánicamente de las Delegaciones Provinciales de Salud y funcionalmente de la Subdirección de Inspección de Servicios Sanitarios. #
La organización funcional de la Inspección se configura en unidades adscritas a cada uno de los tres programas principales:
- Unidades de Centros y Servicios sanitarios
- Unidades de Inspección farmacéutica
- Unidades Médicas de Valoración de Incapacidades
Además cuenta con otras unidades horizontales y específicas:
- Unidad de Calidad, Formación y Sistemas de Información
- Unidad de Responsabilidad Patrimonial
Sus actuaciones se enmarcan en el Plan Anual de Inspección de los Servicios Sanitarios, que se aprueba por Orden de la Consejería de Salud. Con objeto de dar continuidad a los objetivos establecidos en los diferentes Planes anuales, en 2017 se aprobó por Acuerdo del Consejo de Gobierno el primer Marco Director de la Inspección de Servicios Sanitarios, que extendió su vigencia durante un trienio (2017-2019). En diciembre de 2019 se aprobó el segundo Marco Director, para el trienio 2020-2022. Actualmente está vigente el tercer Marco Director 2023-2025.
